Фильм «Секретный эксперимент» вдохновлён реальными событиями программы MKUltra, в рамках которой спецслужбы США изучали методы контроля над сознанием. История начинается с исчезновения молодого человека, оставившего после себя лишь видеозапись. На ней он рассказывает, как получил доступ к засекреченным документам и формуле сыворотки, созданной из мозга умерших, и решил испытать её на себе.
