Фильм «Альтер» переносит зрителя в мрачное будущее, где глобальная катастрофа не уничтожила человечество, а перекроила его по принципу жестокого социального и биологического неравенства. Мир теперь разделён на два враждующих слоя: небольшую касту генетически улучшенных, живущих в роскоши и контролирующих ресурсы, и огромную массу «неулучшенных», согнанных в тесные, бедные районы и лишённых прав.
Спокойная финская провинция потрясена страшной железнодорожной катастрофой: поезд сходит с рельсов, происходит взрыв и пожар, погибают десятки людей. Вся страна находится в шоке. Для расследования этого инцидента приезжает опытный, но принципиальный следователь по несчастным случаям Марита Кайла. С первых шагов она понимает, что официальная версия может быть неполной.
Йоханнес — обычный подросток, живущий в эстонском городе на закате советской эпохи. Его жизнь, как и у многих сверстников, наполнена школьными заботами, первой любовью к однокласснице и неизбежными конфликтами, которые иногда перерастают в драки. Но за стенами его класса и двора происходит нечто гораздо большее: рушится целый мир, считавшийся незыблемым.