Знакомые с детства братья-черепахи снова в деле, но их битва за Нью-Йорк приобрела новый оттенок. Теперь им нужно совмещать тренировки в скрытой лаборатории, выполнение домашних заданий и участие в школьных мероприятиях с постоянными стычками с бандами, мутантами и другими угрозами, проникающими в город из теней.
Новые приключения легендарных братьев-ниндзя начинаются с выхода из тени подземелий. Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль, всю жизнь тренировавшиеся в ниндзюцу вдали от людей, решают испытать взросление на поверхности. Им предстоит совмещать тайную идентичность с попытками влиться в школьную жизнь, что само по себе становится нелёгким испытанием.