Фильм возвращает нас в мир, где граница между реальностью и симуляцией размыта до предела. Нео, некогда избранный Спаситель, теперь Томас Андерсон — гениальный, но внутренне разочарованный создатель культовой игровой трилогии «Матрица». Он принимает таблетки, посещает терапевта и упорно убеждает себя, что странные глюки, нарушающие физику мира, — всего лишь продукт его больной фантазии.
Маргарет, молодая американка, приезжает в Токио, пытаясь оставить позади болезненные воспоминания и начать жизнь с чистого листа. Днём она работает преподавательницей английского, а ночи проводит в лабиринте токийских баров, караоке-клубов и знаменитых отелей любви, исследуя все оттенки этого гипнотического мегаполиса.
После событий первой части мир снова оказывается на грани катастрофы. На сцену выходит Фрея, сестра погибшей королевы Равенны, обладающая могущественной и ледяной магией. Разгневанная предательством и жаждущая власти, она собирает несметное войско изо льда и снега, чтобы захватить королевства. Её путь пересекается с Охотником Эриком, который, потеряв любимую, пытается жить в отрыве от...