Действие разворачивается в 2034 году, спустя два года после того как майор Мотоко Кусанаги покинула ряды 9 отдела общественной безопасности. Новым лидером подразделения стал Тогуса, под его руководством штат сотрудников значительно расширили, чтобы справляться с растущим количеством сложных инцидентов, обрушивающихся на город.
