Действие разворачивается в Японии эпохи Мэйдзи, на стыке древних верований и нового времени. Главный герой, Гинко, — загадочный странник с седыми волосами и неизменной сигаретой. Он не бог и не демон, а «мастер муси», специалист по существам, существующим в потаенном мире между жизнью и небытием. Муши — это не просто духи.
Аниме-сериал «Мастер Муши» переносит зрителя в мир, где бок о бок с людьми живут невидимые существа — муши. Это не просто монстры или духи, а самостоятельная форма жизни, чьё существование тесно переплетено с природой и человеческими судьбами. Главный герой, Гинко, обладает даром видеть эти создания.