Мультфильм «Маленькая Амели» переносит зрителя в 1960-е годы, в Японию, где в семье бельгийского дипломата рождается дочь. Первые два года жизни малышка Амели проводит в странном молчаливом оцепенении, не проявляя интереса к миру вокруг. Но однажды её характер резко меняется: девочка начинает безостановочно кричать и капризничать, став настоящим маленьким чудовищем для родителей.
Анри, грубый и необразованный водитель фургона, живущий в постоянном ступоре, и Фанни, элегантная и утончённая директор фонда современного искусства, кажутся жителями разных планет. Её мир — это Люксембургский дворец, светские рауты и министры. Его мир — это задняя часть фургона, случайные заработки и бутылки дешёвого вина.