Лина Инверс и Нага Серпент, неугомонные героини культовой серии «Рубаки», прибывают в необычный город, прославившийся искусным созданием големов. Здесь они случайно знакомятся с дочерью одного из величайших мастеров, который давно оставил своё ремесло. Между тем, городские власти — два алчных правителя — ведут ожесточённую борьбу за полный контроль.
После того как 17-летний детектив-любитель Синъити Кудо случайно стал свидетелем преступления, его похитили и заставили принять экспериментальную таблетку APTX-4869. Вместо смерти препарат обратил его в семилетнего мальчика. Выжив чудом, Синъити обращается за помощью к своему другу, профессору Хироши Агасе, который создаёт для него маскировку и новый псевдоним — Эдогава Конан.