В центре истории — Мицуко Амано, талантливый разработчик искусственного интеллекта, которая ставит перед собой глобальный вопрос: способны ли андроиды по-настоящему сосуществовать с людьми? Чтобы найти ответ, она отправляет своего создания, робота Сион, в обычную японскую школу, где та должна выдать себя за новую ученицу и вести себя как человек.
Действие разворачивается в футуристическом Киото 2027 года. Главный герой, Наоми Катагаки, — тихий и неуверенный в себе старшеклассник, который с трудом произносит слова в классе и тем более не решается признаться в чувствах своей однокласснице. Его размеренная жизнь резко меняется, когда в небе появляется загадочное свечение, а из него вылетает ворона, похищающая у него книгу.