Фильм «Второй в команде» разворачивается на фоне политической нестабильности в Молдавии, где попытка военного переворота ставит под угрозу жизнь президента и дипломатический корпус. Спецназовец Сэм Кинен, прибывший для усиления безопасности посольства, по воле обстоятельств вынужден взять на себя командование после гибели главы дипломатической миссии.
После ухода из спецслужб Джек Фостер пытается построить обычную жизнь вдали от операций и агентов, сосредоточившись на воспитании своей шестилетней дочери Аманды. Их спокойное существование рушится в один момент во время поездки, когда таинственная женщина, управляющая такси, похищает ребёнка прямо у отца.
Британский актер и режиссер Стивен Сигал возвращается на экран в роли майора Маршалла Лосона — ветерана спецподразделения, пережившего трагедию, унесшую жизни всех его бойцов. Официальная версия говорит о случайном стечении обстоятельств, но Лосон, человек действия с обостренным чувством справедливости, отказывается смириться.