Фильм «Секретный эксперимент» вдохновлён реальными событиями программы MKUltra, в рамках которой спецслужбы США изучали методы контроля над сознанием. История начинается с исчезновения молодого человека, оставившего после себя лишь видеозапись. На ней он рассказывает, как получил доступ к засекреченным документам и формуле сыворотки, созданной из мозга умерших, и решил испытать её на себе.
Сидни провела двадцать лет в полной темноте, с детства лишившись зрения. Долгожданная операция по пересадке донорской роговицы дарит ей шанс снова увидеть мир. Однако вскоре её новое зрение начинает подсказывать, что за прозрачной оболочкой глаза скрывается нечто иное. В отражениях зеркал и мелькающих видениях проступают смутные, тревожные образы — отголоски чужой, трагической жизни.