В продолжении культового «Ледникового периода» ледяная эра заканчивается, и таяние ледников превращает суровые просторы в лабиринт рек и озёр. Герои — мамонт Манфред, циничный саблезубый тигр Диего, болтливый ленивец Сид и неутомимый грызун Скрэт — сталкиваются с новой угрозой: стремительный паводок может уничтожить их родную долину.
Фрэнки Пейдж, молодая женщина, живущая в Питтсбурге, далека от религиозных вопросов. Её мир рушится, когда на её теле появляются стигматы — мистические раны, идентичные ранам распятого Христа. Этот феномен, не имеющий медицинского объяснения, мгновенно привлекает внимание Ватикана. Отец Эндрю Кернан, скептичный священник-исследователь, прибывает, чтобы изучить случай.