«Мастера меча онлайн: Альтернативная призрачная пуля» — это самостоятельная история во вселенной SAO, которая переносит зрителя в мрачный и напряжённый мир виртуальной реальности Gun Gale Online. Главная героиня, Карэн, в реальной жизни чувствует себя неуверенно из-за своего высокого роста и сложностей в общении.
Обычный японский старшеклассник Субару Нацуки после посещения магазина оказывается в совершенно ином мире, наполненном магией и необычными существами. Спасаемая им сереброволосая эльфийка Эмилия и её кот-демон Пак становятся его союзниками в поиске украденного реликвария, однако первая же неудача заканчивается их гибелью.
Катастрофа под названием Инверсия навсегда изменила законы физики и биологии, породив новую эру. Теперь на планете живут Генестелла — люди, рождённые с феноменальными физическими возможностями, которые становятся объектом восхищения и страха. Для их контроля и развития созданы элитные академии-крепости, где юные гении учатся управлять своей силой.
Макото Саэки, обычная школьница, вынуждена быстро повзрослеть, когда после утраты матери наследует должность мико в семейном храме плодородия. Семья Саэки служит этому храму уже четырнадцать поколений, и теперь ответственность ложится на плечи юной девушки. Её главный союзник и наставник — Гинтаро, лис-оборотень, дух-хранитель храма.