Фильм «Цветы зла» — это напряжённая психологическая драма, разворачивающаяся в стенах японской школы. Главный герой, Такао Касуга, уже три года живёт в состоянии эмоционального ступора, считая свою жизнь оконченной после перевода в новую школу. Его единственные утешения — чтение сборника стихов «Цветы зла» Шарля Бодлера и тайная, болезненная влюблённость в отличницу и красавицу Нанако Сэна.
Эпоха Мэйдзи в Японии — время упадка самурайского класса и радикальных перемен. В этом мире, где меч стал символом прошлого, блуждает одинокий странник Кэнсин Химура. Его имя навевало ужас как «Баттёсай» — безжалостный убийца, служивший революции. Теперь, с перекрестной шрамом на щеке, он дал обет больше не убивать и путешествует, предлагая свою помощь тем, кто в ней нуждается, используя...