После событий первого фильма Соник обосновался в Грин-Хилз, но тихая жизнь быстро заканчивается. Злодей доктор Роботник, не смирившись с поражением, возвращается с амбициозным планом по завоеванию мира. Теперь его сообщником становится Наклз — загадочный и сильный воин, чьи мотивы остаются неясными. Их цель — Изумруд Хаос, древний артефакт, способный уничтожить целые цивилизации.
Том Бренд — успешный, но оторванный от семьи миллиардер, для которого работа всегда на первом месте. Даже подарок дочери на день рождения он покупает в последний момент, выбрав в зоомагазине элитного кота по кличке Мистер Пушистые Штаны. Случайная авария на обратном пути переворачивает его жизнь с ног на голову: очнувшись в больнице, Том осознаёт, что его сознание теперь обитает в теле этого...