В центре истории — Дзиро, обычный японский студент, чья размеренная жизнь рушится с появлением незнакомки в сером облегающем костюме. Девушка, чей холодный, нечеловеческий взгляд скрывает удивительную миссию, оказывается киборгом, созданным по его собственному будущему образцу. Её задача — предотвратить ранение, которое приведёт старого Дзиро к инвалидности.
«Вороны: Начало» переносит зрителя в мрачный и безжалостный мир частной старшей школы «Судзуран», известной как «Воронья школа». Здесь не существует teachers' власти — ее место занимает беспощадная иерархия старшеклассников, покоряемых лишь грубой силой и хитростью. За столетия истории ни один ученик не осмеливался бросить вызов этой системе, пока на арену не выходят двое.