Продолжение истории бывшего морского биолога и бойца с экологическими преступлениями Джонаса Тейлора переносит действие в самые глубины океана. Пять лет после событий первого фильма Тейлор, теперь официально работающий на компанию-владельца глубоководной исследовательской станции, участвует в новой миссии в Марианской впадине.
Фильм переносит в самое сердце Тихого океана, где международная научная экспедиция сталкивается с невероятной угрозой. После атаки на глубоководный аппарат, исследовавший загадочную глубину, команда оказывается в ловушке на дне самой глубокой впадины планеты. Время на исходе, а над ними нависает тень доисторического хищника — 23-метрового мегалодона, чье существование было опровергнуто наукой.