После событий первого фильма Соник обосновался в Грин-Хилз, но тихая жизнь быстро заканчивается. Злодей доктор Роботник, не смирившись с поражением, возвращается с амбициозным планом по завоеванию мира. Теперь его сообщником становится Наклз — загадочный и сильный воин, чьи мотивы остаются неясными. Их цель — Изумруд Хаос, древний артефакт, способный уничтожить целые цивилизации.
