Фильм переносит зрителя в эпический, но суровый период Гражданской войны в России. Южное командование отдаёт приказ о проведении рискованной операции глубоко в тылу северных войск. На выполнение сложнейшей миссии отправляется тщательно подобранная диверсионная группа, в которую входят опытный командир Тарасов, его верный соратник Волентир и два морских пехотинца — Швец и Зиновьева.
Фильм «Комиссар» переносит зрителя в самый пыл Гражданской войны, на Украину, где кипят ожесточённые бои. Центральная героиня, комиссар Клавдия Вавилова — закалённая в боях, непреклонная и суровая женщина, для которой военная дисциплина и идеология стали законом жизни. Её мир рушится, когда она обнаруживает, что беременна.