Аракуни Ибуки ведёт обычную жизнь старшеклассника, пока однажды к нему не приходит глава якудза с шокирующей новостью: его одноклассница и подруга детства Хонэко Акабанэ — тайная дочь криминального авторитета. Жизни девушки угрожает реальная опасность, поскольку за её убийство объявлена награда в 10 миллиардов иен.
Фильм «Цветы зла» — это напряжённая психологическая драма, разворачивающаяся в стенах японской школы. Главный герой, Такао Касуга, уже три года живёт в состоянии эмоционального ступора, считая свою жизнь оконченной после перевода в новую школу. Его единственные утешения — чтение сборника стихов «Цветы зла» Шарля Бодлера и тайная, болезненная влюблённость в отличницу и красавицу Нанако Сэна.