Второе приключение знаменитых мутантов-борцов за справедливость продолжает историю, начатую в первом фильме. Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль сталкиваются с новой, ещё более изощрённой угрозой: злодей Шредер и его клан Футов разработали мутирующее вещество — мутаген, способное превращать любые объекты в ужасных монстров.
