Шестой фильм франшизы «Миссия невыполнима» продолжает историю агента Итана Ханта, который после поимки злодея Соломона Лейна сталкивается с новой, ещё более опасной организацией — «Апостолами». Эта группа экстремистов, действующая в тени, похищает ядерные материалы с целью спровоцировать масштабную катастрофу.
Пятая часть культового боевика возвращает нас в мир Этта Ханта, который оказался в невыгодном положении после того, как его организация, ОМН, была официально распущена. В этот момент на сцену выходит «Синдикат» — высокотехнологичная и хорошо финансируемая сеть бывших спецагентов из разных стран, действующая как независимое государство в рамках государства.