Действие разворачивается в далёком будущем, где корпорации и военные продолжат изыскания, начатые в первой части саги. После трагических событий на планете-тюрьме и в «Спецназе» (Aliens) человечество, одержимое технологиями и силой инопланетного организма, прибегает к радикальному методу — клонированию Эллен Рипли.
Американская подводная лодка «Алабама», несущая на борту стратегическое ядерное вооружение, получает смутный приказ из штаба. В условиях обострения международной обстановки команда разделяется: капитан Фрэнк Рэмси, убеждённый в необходимости немедленного запуска ракет, и его первый помощник Рон Хантер, сомневающийся в подлинности приказа, вступают в противостояние.