Второй фильм о мутантах-черепашках переносит зрителя в самое пекло борьбы за судьбу города. После событий первой части Шреддер, заключённый в тюрьму, не сдаётся. При поддержке предателя-учёного профессора Стокмана и банды «Клан Фут» он разрабатывает дерзкий план побега, который должен привести к катастрофе. Ключ к побегу — секретная технология порталов, способных перемещать объекты между мирами.
Успевшие осесть quartet приятелей из богатого пригорода внезапно решает вернуть юношескую мечту — ощутить байкерскую свободу. Забудя о корпоративных встречах и семейных обязанностях, они облачаются в кожаные куртки, садятся на Harley-Davidson и отправляются в долгий круиз от севера на юг Америки, до Нью-Мексико.