Фрэнки Пейдж, молодая женщина, живущая в Питтсбурге, далека от религиозных вопросов. Её мир рушится, когда на её теле появляются стигматы — мистические раны, идентичные ранам распятого Христа. Этот феномен, не имеющий медицинского объяснения, мгновенно привлекает внимание Ватикана. Отец Эндрю Кернан, скептичный священник-исследователь, прибывает, чтобы изучить случай.
Фильм продолжает тему скрытой инопланетной оккупации, начатую в первой части. Несколько лет назад учёный Зэйн Земински, нашедший доказательства существования заговора, погиб при загадочных обстоятельствах, успевая передать ключевую информацию своему брату Джеку Эддисону и талантливой журналистке Бриджет Риордан.
Действие разворачивается в XXIII веке, где Земля представляет собой централизованное государство с жёсткой социальной структурой: гражданство и все права можно получить лишь после прохождения обязательной государственной службы. Человечество ведёт изнурительную войну против расе разумных и технологически развитых насекомых с планеты Клендату.