Мультфильм «Босс-молокосос 2» возвращает зрителей в мир, где тайные агенты-младенцы управляют глобальными корпорациями. Теперь главные герои — уже взрослые братья: Тим, посвятивший себя семье, и Тед, ставший CEO инвестиционного фонда. Их спокойная жизнь рушится, когда в семью Тима приходит новая волна приключений, связанная с его дочерью-агентом и зловещим планом доктора Эрвина Армстронга.
После череды безобидных перестрелок спокойствие на тропических островах птиц и зелёных свиней нарушает появление Зеты — хладнокровной предводительницы с замерзшего острова, жаждущей расширить свою территорию. Её грозная технология и коварный план ставят под удар привычный уклад жизни. Когда традиционные методы обороны оказываются бессильны, бывшие противники вынуждены пересмотреть свои...