Отряд элитных бойцов G.I. Joe становится мишенью после того, как их миссия в Пакистане заканчивается тотальным уничтожением. Авиаудар, нанесённый по их позициям, оказывается частью грандиозного заговора: Зартан, тайно захвативший пост президента США, обвиняет героев в государственной измене и краде ядерного оружия.
