Действие разворачивается в современном Нью-Йорке, где преступный клан Foot под командованием безжалостного Шреддера установил тотальный контроль над городом. Полиция и власти оказались на его стороне, а будущее города висит на волоске. Спасение приходит из самого неожиданного места — из канализационных тоннелей, откуда выходят четыре брата-черепахи, выросших в изоляции и обученных мастерству...
Отряд элитных бойцов G.I. Joe становится мишенью после того, как их миссия в Пакистане заканчивается тотальным уничтожением. Авиаудар, нанесённый по их позициям, оказывается частью грандиозного заговора: Зартан, тайно захвативший пост президента США, обвиняет героев в государственной измене и краде ядерного оружия.
Третья часть культовой франшизы Майкла Бэя раскрывает секрет, который правительство США скрывало сорок лет: во время миссии «Аполлон-11» на обратной стороне Луны был обнаружен загадочный корабль. Эта находка, оказавшаяся останками автоботов, становится причиной нового противостояния, угрожающего всему человечеству.