Второй фильм франшизы, основанной на культовой игре, переносит битву за судьбу мира на новый уровень. Император Внеземелья Шао Кан врывается на Землю с жестоким ультиматумом: за семь дней он стерёт планету с лица вселенной. Его армия включает роботов-ниндзя с программируемыми боевыми алгоритмами, четырёхрукую богиню Шиву и свирепого звероподобного Мотарро.
Действие переносится в 2127 год, где изолированная космическая станция становится ареной апокалиптических событий. Доктор Пол Мерчант, архитектор этого технологического чуда, использует его как гигантскую лабораторию для финального этапа многолетних изысканий. Его цель — древняя деревянная шкатулка, головоломка, исполняющая любое желание владельца, но ценой невообразимых страданий.
В третьей части культовой серии Леонардо, Донателло, Рафаэль и Микеланджело сталкиваются с самым неожиданным приключением. Всё начинается с безобидного подарка — старинного японского скипетра, который Эйприл находит на распродаже для Сплинтера. Оказалось, этот артефакт — не просто антиквариат, а прообраз машины времени, активирующийся при совпадении веса путешественников.
Второе приключение знаменитых мутантов-борцов за справедливость продолжает историю, начатую в первом фильме. Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль сталкиваются с новой, ещё более изощрённой угрозой: злодей Шредер и его клан Футов разработали мутирующее вещество — мутаген, способное превращать любые объекты в ужасных монстров.