Фильм «Цветы зла» — это напряжённая психологическая драма, разворачивающаяся в стенах японской школы. Главный герой, Такао Касуга, уже три года живёт в состоянии эмоционального ступора, считая свою жизнь оконченной после перевода в новую школу. Его единственные утешения — чтение сборника стихов «Цветы зла» Шарля Бодлера и тайная, болезненная влюблённость в отличницу и красавицу Нанако Сэна.
Шестеро друзей детства, называвших себя «супермиротворцами», пережили трагедию — смерть одной из них, Мэйко Хонмы. Их лидер Дзинта Ядоми, сломавшийся от чувства вины, превратился в затворника-хикикомори, а остальные разбрелись по жизни: кто-то упорно добивается успеха в престижной школе, кто-то пытается устроить обычное существование, а кто-то ушёл в бесцельные странствия.