Фильм переносит зрителя в 1945 год, в разгар последних дней Второй мировой войны. Главный герой, камикадзе Коити Сикисима, выживает после гибели своей команды на острове Одо и возвращается в разрушенный бомбардировками Токио, где теряет родителей и дом. В этом мире полном отчаяния и руин он находит неожиданное родство с молодой женщиной, также потерявшей семью, и её младенцем, которого она...
Эпоха раннего периода Эдо, 1614 год. Япония, только что объединённая под жёсткой властью первого сёгуна Токугавы Иэясу, балансирует на грани мира и новой гражданской войны. В центре этого исторического вихря — две изолированные деревни, Кога и Ига, чьи кланы ниндзи веками уничтожали друг друга в кровавой мести.