Фильм завершает оригинальную трилогию о Людях Икс, ставя под вопрос само будущее мутантов и людей. После событий второй части команда сталкивается с триумфальным возвращением Джин Грей, чьи возрождённые и неконтролируемые силы Тёмного Феникса делают её самым могущественным и разрушительным существом на планете.
Малыш Бадди, случайно оказавшийся среди эльфов на Северном полюсе, вырос, так и не сумев по-настоящему вписаться в их мир. Его невероятный рост и человеческое происхождение всегда делали его чужим, но именно эта особенность становится ключом к новому приключению. Решив отыскать своего биологического отца, Бадди перебирается в Нью-Йорк — город, полный суеты, неверия и совершенно чуждый волшебству.