Вселенная «Губки Боба» впервые предстаёт в объёмном 3D-формате, и это меняет всё. Когда злодей Планктон похищает секретную формулу крабсбургеров, её волшебство перестаёт работать, и Бикини Боттом начинает стремительно высыхать. Чтобы вернуть город к жизни, Губка Боб Квадратные Штаны, который впервые в жизни оказывается вне воды, должен найти формулу.
Один невероятно разрушительный день изменил всё для жителей Сильверстона. Непредсказуемые и смертоносные торнадо обрушились на город, превратив его в руины и бросив вызов самой выживаемости. В то время как большинство в панике стремится к укрытиям, небольшая группа отчаянных смельчаков — охотников за торнадо — движется прямо в эпицентр бури.