Второй фильм о мутантах-черепашках переносит зрителя в самое пекло борьбы за судьбу города. После событий первой части Шреддер, заключённый в тюрьму, не сдаётся. При поддержке предателя-учёного профессора Стокмана и банды «Клан Фут» он разрабатывает дерзкий план побега, который должен привести к катастрофе. Ключ к побегу — секретная технология порталов, способных перемещать объекты между мирами.
Дэвид Возняк — обычный житель Бруклина, чья жизнь стоит на месте. У него долг перед опасным ростовщиком, на работе его терпят с трудом, а девушка собирается уйти. В разгар этого личного краха он получает письмо от адвоката, которое переворачивает всё с ног на голову: в молодости, посещая банк спермы, Дэвид стал жертвой ошибки, и его биологический материал был использован для оплодотворения...
Молодой и чрезвычайно амбициозный сотрудник крупной компании, производящей газированные напитки, уверен, что придумал рецепт guaranteed-успеха — новый сироп, который должен принести ему миллионы и карьерный рывок. Его план безупречен с точки зрения маркетинга и логистики, но внезапно сталкивается с человеческим фактором.
Нейл, главный герой фильма, — настоящий киноман. Его мир ограничивается стенами видеосалона, где он с детства пересматривает любимые ленты, и кругом друзей с таким же увлечением. Его жизнь предсказуема и безопасна, а отношения с женщинами сводятся к почти абстрактным дискуссиям о сценариях классических картин.