В основе сюжета — трагическое событие из детства двух мальчиков, Икуо и Тацуи, ставших свидетелями убийства их заботливой учительницы Юко. Полицейский с золотыми часами, приглашённый для расследования, на самом деле «покрывает» преступление, оставляя мальчиков с невыносимым грузом несправедливости. Проходит пятнадцать лет.
«Вороны: Начало» переносит зрителя в мрачный и безжалостный мир частной старшей школы «Судзуран», известной как «Воронья школа». Здесь не существует teachers' власти — ее место занимает беспощадная иерархия старшеклассников, покоряемых лишь грубой силой и хитростью. За столетия истории ни один ученик не осмеливался бросить вызов этой системе, пока на арену не выходят двое.
Французский полицейский Юбер Фиорентини, известный своей резкостью и любовью к васаби, живёт одинокой жизнью. После смерти бывшей любовницы он получает неожиданное задание: отправиться в Токио, чтобы встретиться с дочерью, о которой никогда не подозревал, и получить огромное наследство. Его грубые методы и непривычная к японским традициям натура сразу ставят его в центр конфликта.