Мир Великой Долины, где в мире живут динозавры, снова сталкивается с неожиданной угрозой. Слухи от кочующих стай говорят о странных переменах в далёких землях: прежняя Сухая Земля превратилась в покрытую вечными туманами и загадками область, где бродят невиданные существа. Однако беспечная жизнь обитателей долины нарушается срочной необходимостью — у мудрого дедушки бронтозаврика Крошки-Ножки...
Кошмарная случайность меняет жизнь обитателей Великой Долины: огромный метеорит разрушает привычный уклад, перекрывая доступ к единственному водоему. В условиях нарастающей напряженности и страха перед будущим группа отважных детенышей динозавров во главе с Крошкой-Ножками принимает смелое решение. Они тайно уходят из дома, чтобы отправиться на поиски воды, которая станет ключом к выживанию...
Знакомая по первой части мирная Великая Долина — это безопасный дом, где под присмотром взрослых резвятся малыши-динозаврики. Но любопытство и непоседливость берут верх: группа друзей решает исследовать мир за её пределами, не подозревая, какие испытания их ждут. За стенами Долины начинается настоящее путешествие, полное неожиданностей.
Элиот Рид, приняв предложение о руководстве мексиканской фабрикой игрушек, перевозит свою семью — жену Мэрилин и детей — в новый дом неподалёку от места работы. Рядом с фабрикой археологи случайно освобождают древнее зло, обрушив плиту, под которой веками был заперт злой дух. Бесприютный дух находит пристанище на складе фабрики, вселяясь в одну из созданных там кукол.
Действие разворачивается в эпоху, когда Землю еще не ступала нога человека. Это время могучих вулканов, грандиозных катаклизмов и удивительных существ. Главный герой — наивный, но отважный бронтозавр по имени Крошки-Ножки, который теряет свою семью и вынужден один искать спасения. Слухи о милой и плодородной Великой Долине ведут его путь.