Второй фильм о мутантах-черепашках переносит зрителя в самое пекло борьбы за судьбу города. После событий первой части Шреддер, заключённый в тюрьму, не сдаётся. При поддержке предателя-учёного профессора Стокмана и банды «Клан Фут» он разрабатывает дерзкий план побега, который должен привести к катастрофе. Ключ к побегу — секретная технология порталов, способных перемещать объекты между мирами.
Эван Дэниелсон — блестящий, но погружённый в работу финансовый аналитик, чья жизнь состоит из бесконечных встреч и цифр. Его карьера, казалось бы, незыблема, но внезапно рушится, ставя под угрозу всё, чего он достиг. В этот сложный момент в его жизни неожиданно появляется необычный помощник — шестилетняя дочь Оливия, которую он почти не замечает.