Действие разворачивается спустя год после масштабного противостояния Годзиллы и Механической Годзиллы, когда жители Токио наконец-то начинают чувствовать себя в относительной безопасности. Но спокойствие длится недолго: из глубин Тихого океана приходит неожиданное предупреждение, источником которого становится Мотра — древний страж природы, который всегда был ярым врагом Годзиллы.
