Знакомые по предыдущим фильмам герои — лев Алекс, зебра Марти, гиппопотама Глория и жираф Мелман — вместе с королём Джулианом, Морисом, Мортом и отрядом хитроумных пингвинов продолжают своё отчаянное путешествие обратно в Нью-Йорк. Их неожиданный маршрут лежит через живописную Европу, где, чтобы скрыться от преследования, они вынуждены придумать грандиозный проект.
Знакомые по первому фильму обитатели нью-йоркского зоопарка — лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория — после опасностей жизни на Мадагаскаре решают вернуться домой. Однако их самолёт терпит крушение, и компания оказывается в африканской саванне, родной земле Алекса. Здесь его ждёт встреча с семьёй, от которой он был отлучён в детстве, и шок от дикой жизни, полной хищников и...
Знакомые с комфортом и рутиной обитатели Центрального зоопарка Нью-Йорка — харизматичный лев Алекс, любопытная зебра Марти, тревожный жираф Мелман и уравновешенная гиппопотама Глория — мечтают о свободе. Их авантюрный побег заканчивается кораблекрушением, и друзья неожиданно для себя оказываются на берегах экзотического Мадагаскара.
В идеально отлаженном механизме гигантского муравейника каждый знает своё место. Рабочие, как Антц, проводят жизнь в бесконечных тоннелях, а солдаты под началом генерала Мэндибала ведут бессмысленные войны с термитами. Но один вопрос терзает нашего героя: "Зачем?" Его мир переворачивается, когда на тайной вечеринке он встречает принцессу Бала, уставшую от церемониальной жизни.