Фильм «Альтер» переносит зрителя в мрачное будущее, где глобальная катастрофа не уничтожила человечество, а перекроила его по принципу жестокого социального и биологического неравенства. Мир теперь разделён на два враждующих слоя: небольшую касту генетически улучшенных, живущих в роскоши и контролирующих ресурсы, и огромную массу «неулучшенных», согнанных в тесные, бедные районы и лишённых прав.
На просторных, суровых территориях казахской степи, где ветер кажется единственным постоянным собеседником, разворачивается история о тихой, но глубокой драме человеческих отношений. Карлыгаш, чьё имя на казахском означает «ласточка», живёт в мире, который её не принимает. Её дом — это коневодческая ферма, где она вместе с мужем Ильясом и его отцом пытается построить жизнь.
Декабрь 1941 года, подступы к Москве. Лётчик Николай Комлев выполняет героический боевой вылет, успешно уничтожая немецкую танковую колонну. Однако его штурмовик Ил-2 получает серьёзные повреждения от вражеских истребителей. Комлеву удаётся посадить горящий самолёт на глухую лесную поляну, но сам он тяжело ранен. Если воздушный бой позади, то самые невероятно трудные испытания только начинаются.