После событий предыдущих фильмов Эдди Брок и Веном, приспособившись к совместному существованию, стали неожиданной, но эффективной командой, сражающейся с преступностью. Их хрупкий мир рушится, когда за Эдди начинают охотиться военные, а за Веномом — его собственные инопланетные сородичи, прибывшие на Землю с миссией тотального уничтожения.
Фильм «Второй в команде» разворачивается на фоне политической нестабильности в Молдавии, где попытка военного переворота ставит под угрозу жизнь президента и дипломатический корпус. Спецназовец Сэм Кинен, прибывший для усиления безопасности посольства, по воле обстоятельств вынужден взять на себя командование после гибели главы дипломатической миссии.