Фильм возвращает нас в мир, где граница между реальностью и симуляцией размыта до предела. Нео, некогда избранный Спаситель, теперь Томас Андерсон — гениальный, но внутренне разочарованный создатель культовой игровой трилогии «Матрица». Он принимает таблетки, посещает терапевта и упорно убеждает себя, что странные глюки, нарушающие физику мира, — всего лишь продукт его больной фантазии.
Идеальная жизнь успешной юристки Клэр рушится в один миг, когда выясняется, что её муж Том на протяжении многих лет скрывал от неё свою настоящую профессию — секретного военного агента. Теперь его судят за убийство мирных жителей во время событий 1988 года в Сальвадоре. Отказавшись верить в вину любимого человека, Клэр решает стать его адвокатом, но быстро понимает, что правила военного...