В этом анимационном фильме классическая команда Scooby-Doo сталкивается с необычным случаем, где грань между реальностью и мистикой стирается. Друзья приезжают в уединённый городок, празднующий День урожая, по приглашению талантливого, но скрытного писателя Бена Рэйвенкрофта, автора мрачных романов.
После того как команда «Энтерпрайза» спасла Спока и нарушила приказ, вернувшись на Вулкан, они ожидают суда за самовольные действия. Но Земля уже не та, которую они покинули: над планетой нависла угроза от огромного космического корабля неизвестного происхождения, который погружает мир в хаос стихий и передаёт на берег загадочные сигналы, похожие на язык вымерших китов.