Действие разворачивается в 1987 году. После стычки с Десептиконом и военными автобот Бамблби теряет голосовой модуль и память, а его последним сканированием становится жёлтый Фольксваген Жук. Год спустя 18-летняя Чарли, увлечённая механикой и переживающая сложный период после потери отца, находит этого ржавого жука на свалке.
Тринадцатый фильм во вселенной перезапущенного «Стартрека» продолжает историю капитана Кирка и его команды, исследующих дальние рубежи космоса на борту звездолета «Энтерпрайз». После столкновения с таинственным и непостижимым врагом, чьи мотивы и природа остаются загадкой, герои оказываются в изоляции, отрезанные от поддержки Федерации.