Третья часть успешной кинофраншизы возвращает нас в мир, где скорость звука — это лишь начало. Знакомого по первым двум фильмам синего ежа Соника, его верных друзей Тейлза и Наклза ждёт испытание, превосходящее все предыдущие. На горизонте появляется Еж Шэдоу — таинственный, молчаливый и невероятно мощный антагонист, чьи способности ставят под вопрос само существование их команды.
В глубине камбоджийских джунглей разворачивается тайная операция: частная американская корпорация под прикрытием ЦРУ тестирует новейшее оружие — автономных боевых роботов, оснащённых искусственным интеллектом. Их задача — тотальное уничтожение вооружённой банды наркоторговцев, но испытания выходят из-под контроля.