Второе приключение знаменитых мутантов-борцов за справедливость продолжает историю, начатую в первом фильме. Леонардо, Микеланджело, Донателло и Рафаэль сталкиваются с новой, ещё более изощрённой угрозой: злодей Шредер и его клан Футов разработали мутирующее вещество — мутаген, способное превращать любые объекты в ужасных монстров.
Два необычных друга, владелец цветочного магазина Уолли, лишённый зрения, и работник склада Дэйв, который ничего не слышит, случайно оказываются на месте преступления. На глазах у Уолти, ничего не видящего, но слышащего через Дэйва, происходит убийство, а сам Дэйв, не разглядев лица преступника, становится их единственным свидетелем.