Действие разворачивается в 5012 году, когда Земля пережила катастрофическое вторжение инопланетян и их машинных созданий. Человечество, отступив на Луну, создало элитные подразделения андроидов YoRHa для тотальной войны. Эти высокотехнологичные воины, лишённые эмоций и не знающие страха, становятся последним щитом цивилизации.
Действие аниме-сериала разворачивается на далёкой планете Гифт, недра которой богаты ценными кристаллами Гифтиум. В шахтёрском городке Сад Индиго живёт юный Сого, чьё главное увлечение — поиск редких кристаллов. Однажды, спасаясь от погони вместе с одноклассниками, он заблудился и наткнулся на заброшенную шахту.