Десять лет назад во время ремонта спутника на астронавтов напал таинственный рой, вылетевший из лунного кратера. Выживший Брайан Харпер так и не смог доказать НАСА, что источник угрозы — сама Луна. Сейчас её нестабильная орбита ведёт к неминуемому столкновению с планетой. Массовые цунами, землетрясения и хаос охватывают мир.
События фильма разворачиваются вокруг одной из ключевых героинь вселенной Людей Икс — Джин Грей. Во время рискованной космической операции она получает серьёзные повреждения от воздействия загадочной космической сущности, которая пробуждает в ней невероятные, но неконтролируемые силы. Это превращение в Тёмного Феникса становится не только личной трагедией для Джин, но и экзистенциальной...