Загадочный и харизматичный Бокуши, чьи мотивы остаются скрытыми, конструирует на отдаленной территории неприступную крепость — сложный комплекс, наполненный современным оружием и группой преданных ему ветеранов боевых действий. Эта организация, действующая вне закона, становится головной болью для спецслужб, которые после череды провальных операций приходят к выводу: нужен кто-то изнутри.
Спустя семь лет после подземных приключений героев ждёт новая катастрофа — дрейф континентов. Манни, Сид и Диего, оторванные от своего стада, вынуждены отправиться в опасное плавание на айсбереге, чтобы найти своих близких. Их путь лежит через бескрайний океан в неизведанные тропические земли, где обитают экзотические существа, а также свирепые пиратские стаи, готовые на всё ради добычи.
Знакомые нам мамонт Манфред, саблезубый тигр Диего и вечно болтливый ленивец Сид снова в центре событий. Их привычная жизнь в холодном мире претерпевает изменения: Манфред и его подруга Элли готовятся стать родителями, а Диего задумывается о своей роли в стае после долгого периода спокойной жизни. Сид, мечтающий о собственной семье, совершает опрометчивый поступок — крадёт яйца динозавра, что...