Через восемь лет после трагического инцидента с захватом террористами самолёта, в результате которого погибло много людей, в ЦРУ возобновляют расследование. Его поручают агенту Генри Пелэму, который сам участвовал в той операции. Его цель — найти «крота», чьи действия привели к катастрофе. Главной подозреваемой становится Силия Харрисон, бывшая оперативница и в прошлом страстная любовь Генри.
Тринадцатый фильм во вселенной перезапущенного «Стартрека» продолжает историю капитана Кирка и его команды, исследующих дальние рубежи космоса на борту звездолета «Энтерпрайз». После столкновения с таинственным и непостижимым врагом, чьи мотивы и природа остаются загадкой, герои оказываются в изоляции, отрезанные от поддержки Федерации.